党的十七届三中全会《关于推进农村改革发展若干重大问题的决定》提出要“强化党委统一领导、党政齐抓共管、农村工作综合部门组织协调、有关部门各负其责的农村工作领导体制和工作机制”。强调要“加强党委农村工作综合部门建设，建立职能明确、权责一致、运转协调的农业行政管理体制”。
为强化对全省“三农”工作的领导和指导，2009年3月，中共中央办公厅批复，同意成立中共甘肃省委农村工作办公室（以下简称省委农工办）。
同月，省编委批准，设立省委农工办，为省委工作机构，内设秘书处、综合信息处、新农村建设处、调研督查处。
2009年12月，省直机关工委批复，成立中共甘肃省委农村工作办公室机关委员会（以下简称机关党委）。
2013年，省委省政府决定，成立甘肃省改善农村人居环境协调推进领导小组，省委农工办承担办公室日常工作，承办领导小组和组长、副组长交办的工作。
2015年4月，省编办根据省委农工办承担的工作任务和职能，批准省委农工办将内设处室调整更名为秘书处、综合协调处、农村处、宣传信息处、基层指导处、检查考核处和机关党委。
2016年5月25日，经省编办批准，成立中共甘肃省委农村工作办公室信息中心，处级建制。主要职责是：承担全省“三农”工作、农村人居环境的改善、老区开发建设等信息发布、反馈和管理工作，负责省委农工办信息化网络的规划、建设和网络信息安全及保密工作等。
2016年11月，经省编办批准，成立中共甘肃省委农村工作办公室行政事务处，主要职责是：负责机关内部和下属事业单位的财务管理、审计工作，严格财务管理，承办国有资产管理和职工医疗保险、住房公积金管理工作，承办固定资产添置、办公用品购买保管及发放使用工作，配合有关处室做好有关会议的会务工作等。
2017年8月21日，省编办根据省委农工办工作职能和重点工作要求，批准省委农工办将内设处室调整更名为综合处、机关党委、农村政策法规处、农村改革指导处、农村经济发展处、农村社会发展处、农村环境建设处、行政事务处。1个处级事业单位为信息中心。